La cueillette du Safran diffère d’une région à l’autre, d’une exploitation agricole à l’autre et peut aussi varier selon qu’il s’agit d’un particulier ou d’un professionnel.
La principale explication de ces différences est l’importance de l’exploitation et donc la possibilité de bien gérer dans la journée toute la récolte du matin.

Ici, les pistils de la fleur (à droite) sont toujours bien abrités des éléments extérieurs.

Pour obtenir un Safran de toute première qualité,
l’un des deux principaux facteurs est la pureté et donc la propreté des pistils. L’autre facteur est la durée du processus entre la floraison et le conditionnement du Safran pour son stockage : plus on attend et plus la fleur fane vite, provoquant un ramollissement des étamines et le pollen qui se colle aux précieux pistils.
Les fleurs sont cueillies le matin pour répondre à ces deux besoins.
Si on prélève la fleur avant son éclosion on évite l’impact néfaste des UV sur le pistil, la poussière, la pluie (et la projection de particules de boue dans la fleur) ou la neige. 
On empêche aussi que les insectes se posent dans la fleur ouverte, ils apporteraient un peu de pollution et certains butineraient, projetant du pollen (couleur jaune) sur les pistils (couleur rouge). 

Ce pistil n’a évidemment pas été commercialisé, il a été utilisé pour test lors de l’élaboration de nouvelles recettes.

Pour récupérer les pistils (la partie rouge dans la fleur) : on écarte les pétales et on prélève leur pistil aussitôt en le coupant aux petits ciseaux. On sèche les pistils (four ou déshydrateur par exemple),  puis on les garde à l’abri de l’humidité et de la lumière au minimum six semaines avant de les utiliser. Ce délai est nécessaire pour que le Safran se révèle pleinement.
Il existe d’autres facteurs influant sur la qualité du produit final : l’humidité résiduelle après séchage. Le taux maximum d’humidité d’un Safran de catégorie 1 (la meilleure selon la norme ISO 3632) doit être au maximum de 12%.
Au delà le Safran se conserve mal, il risque de moisir s’il n’est pas utilisé très rapidement.